Основан в 1899 году. До 1989 года играл в Бециркслиге (Bezirksliga, седьмой дивизион в современном немецком футболе). В сезоне 1988/89 занял последнее место в седьмом дивизионе и вылетел в Kreisklasse A.
После вылета в низшую лигу, миллиардер Дитмар Хопп, сам в юности игравший за «Хоффенхайм», начал спонсировать клуб. Поначалу он выделил 10 000 немецких марок на новые мячи и тренировочное оборудование. В сезоне 1989/90 клуб выиграл турнир Крайсклассе и вернулся в Бециркслигу, в которой на следующий сезон также занял первое место.
В 1990—1996 годах «Хоффенхайм» играл в Ландеслиге (Landesliga, 6-й дивизион), в 1996 году клубу удалось выиграть и эту лигу, перейдя в Фербандслигу. В 2000 году «Хоффенхайм» выиграл Фербандслигу, перешел в Оберлигу, где в первом же сезоне занял первое место.
Таким образом, в сезоне 2001/02 клуб добрался до третьего дивизиона — Регионаллиги, впереди которой в Германии находятся только обе Бундеслиги. В сезоне 2001/02 клуб занял 13-е место в Регионаллиге, в сезонах 2002/03 и 2003/04 — пятое, в 2004/05 — седьмое, в 2005/06 — четвёртое.
В сезоне 2002/03 «Хоффенхайм» впервые успешно квалифицировался в Кубок Германии. Победив «Гройтер Фюрт» в 1/32 финала (4:1), они были остановлены Кёльном в 1/16 (1:5).
2003/04 был сезоном, в котором о деревенском клубе под меценатством миллиардера узнала вся Германия: в Кубке Германии «Хоффенхайм» обыграл «Айнтрахт» Трир (4:3), «Карлсруэ» (4:0), леверкузенский «Байер» (3:2 — первый официальный матч хоффенхаймцев против представителя Бундеслиги) и добрался до четвертьфинала, в котором уступил «Любеку» (0:1).
В сезоне 2006/07 «Хоффенхайм» занял второе место в Регионаллиге и перешел во Вторую Бундеслигу. Выход в лигу выше привёл к тому, что клубу понадобился новый стадион (старый «Стадион имени Дитмара Хоппа» был рассчитан на 6000 зрителей). Первую половину сезона 2008/09 клуб провел на стадионе в Маннгейме. Со второй половины сезона 2008/09 «Хоффенхайм» играет на новом стадионе «Райн-Неккар-Арена» в Зинсхайме, рассчитанный на 30 000 зрителей.
Сезон 2007/08 прошел для «Хоффенхайма» очень удачно: второе место во Второй Бундеслиге и переход в высший дивизион немецкого футбола; четвертьфинал в Кубке Германии. В этом сезоне был установлен рекорд Второй Бундеслиги по сумме за трансфер футболиста: Эдуарду был куплен за 8 миллионов евро. Всего сумма, вложенная Хоппом в клуб с 1989 года, оценивается в 150—200 миллионов евро.
На данный момент, после 18 туров в Бундеслиге 2008—2009, команда сенсационно занимает 1 место и является победителем первого круга Бундеслиги.
